На Козлова заведено дело по статье 286 Уголовного кодекса Российской Федерации («Превышение полномочий с причинением тяжких последствий»).

Следствие считает, что контр-адмирал продавал военные карты коммерческим структурам, которые затем распространяли их в формате Международной гидрографической организации. Своей преступной деятельностью Козлов нанес государству ущерб на сумму более 9,5 млн. рублей.